《办法》指出，水污染防治专项资金绩效评价的内容分资金管理、项目管理、产出和效益等三个方面，共涉及3个一级指标，10个二级指标。其中，产出和效益主要评价年度绩效目标和任务的完成情况，是评价工作的重点。评价工作的主要依据包括《水污染防治专项资金管理办法》、水污染防治目标责任书、专项资金绩效目标、地方环境保护主管部门会同财政主管部门编制的年度实施方案等。绩效评价最终的结果量化为百分制综合评分，按分数分“优秀”、“良好”、“合格”、“不合格”四个等级。

《办法》明确了水污染防治专项工作程序，强调资金与目标任务的匹配性。根据《办法》，省级财政部门会同环境保护部门应提前组织编制和报送水污染防治年度绩效目标申报表、年度实施方案及项目清单，财政部、环境保护部在此基础上，结合上一年度各省绩效评价结果等下达资金及任务，再由省级部门根据中央专项资金规模和绩效目标，完善年度工作安排和组织实施。

《办法》要求，水污染防治绩效评价工作应分级实施，各级财政、环境保护部门按照要求及职责分工组织开展绩效评价工作，评价结果由省级财政和环保部门报财政部、环境保护部，由两部对各省上报的绩效评价报告进行审核、抽查等，并依此进行“奖优惩劣”。同时，对于预算执行中的绩效监控，《办法》分别对资金管理及使用、年度实施方案与水污染防治中央储备库的衔接、项目建设等方面提出了管理要求，督促绩效目标有效实现。

此外，《办法》还要求各省根据实际情况，制定本地区绩效评价实施细则，提高绩效评价工作的效率等，并对绩效评价工作中的信息公开制度、第三方参与等提出了具体要求。

近期，各省财政部门、环境保护部门将根据《办法》，开展2016年度水污染防治专项资金绩效评价工作，环境保护部、财政部将根据相关结果对专项进展及成效等进行分析，优化专项管理，提高水污染防治专项资金使用效益，推动水污染防治行动计划目标实现。